Sezonul 3 din Stargate Atlantis a avut premiera pe 13 iulie 2006.
3 - 1Țara nimănui (2) Jul. 13, 2006
3 - 2Nelegitimi Jul. 20, 2006
3 - 3Irezistibilul Jul. 27, 2006
3 - 4Sateda Aug. 03, 2006
3 - 5Descendenții Aug. 10, 2006
3 - 6Lumea reală Aug. 17, 2006
3 - 7Interese comune Aug. 24, 2006
3 - 8McKay și doamna Miller Sep. 07, 2006
3 - 9Fantasmele Sep. 14, 2006
3 - 10Reîntoarcerea (1) Sep. 21, 2006
3 - 11Reîntoarcerea (2) Nov. 19, 2006
3 - 12Ecouri Nov. 26, 2006
3 - 13Iresponsabilul Dec. 03, 2006
3 - 14Calea lui Rodney Dec. 10, 2006
3 - 15Jocul Dec. 17, 2006
3 - 16Arca Jan. 07, 2007
3 - 17Duminică Jan. 11, 2007
3 - 18Scufundarea Jan. 14, 2007
3 - 19Răzbunarea Jan. 28, 2007
3 - 20Prima lovitură (1) Feb. 04, 2007